TAKSONOMI
adalah penggolongan organisme dalam suatu
sistem yang ditetapkan dan menunjukkan hubungan secara alamiah. Taksonomi juga
merupakan ilmu yang mengklasifikasikan seluruh mahluk hidup di dunia.
·
Pembagian Taksonomi:
1.
Taksonomi Klasik:
Penggolongan organisme yang didasarkan atas pemikiran Linnaeus
2.
Taksonomi Modern:
Membahas penggolongan dan hubungan antar organisme secara molekular
· Tujuan Klasifikasi
- Transfer informasi
- Penggolongan organisme
- Penggambaran evolusi
·
Syarat Klasifikasi
1.
Isi informasi harus akurat
2.
Data harus stabil
3. Didasarkan atas keilmuan
dan bukti empiris
·
Kelemahan Taksonomi Klasik
1. Spesies merupakan
kategori spesifik
2. Ciri grup dilihat
secara subyektif dan apriori
3. Informasi untuk penentu karakter sedikit, subyektif
dan tidak stabil
·
Fungsi Taksonomi Modern
1. Mengkoreksi
2. Mempertegas
3. Menyusun
klasifikasi baru
·
Taksonomi Numerik
Pengelompokan dengan
menggunakan metode secara numerik dari unit taksonomi ke dalam taxa
berdasarkan karakteristik aksesi tersebut.
·
Karakter
Karakter à OTU (Operational Taxonomy Unit), keseluruhan karakter harus mempunyai berat yang sama
dalam konstruksi klasifikasi sehingga taxa harus didasarkan pada kesamaan
secara keseluruhan sehingga dibutuhkan
karakter/sifat biologi organisme dalam jumlah yang banyak.
·
OTU (Operational Taxonomy Unit) à 1 OTU mewakili 1 karakter
|
Karakter
|
|
|
Warna
|
Merah
|
|
|
Putih
|
|
Motilitas
|
+
|
|
|
-
|
|
Sistem OTU
|
|
|
Terdapat Karakter
|
1 (+)
|
|
Tidak Terdapat Karakter
|
0 (-)
|
·
Karakteristik Kualitatif
|
KARAKTER
|
O T U
|
|||
|
WARNA BAKTERI
|
1
|
2
|
3
|
4
|
|
merah
|
0
|
1
|
0
|
0
|
|
orange
|
0
|
0
|
1
|
0
|
|
ungu
|
0
|
0
|
0
|
1
|
·
Karakter Kuantitatif
|
KARAKTER
|
O T U
|
|||
|
PANJANG
SEL
|
1
|
2
|
3
|
4
|
|
1,0 – 1,9
|
0
|
1
|
1
|
1
|
|
2,0 – 3,0
|
0
|
0
|
1
|
1
|
|
> 3,0
|
0
|
0
|
0
|
1
|
·
Hubungan Koefisien dan Karakter
|
+
|
-
|
|
|
+
|
a
|
b
|
|
-
|
c
|
d
|
·
Koefisien Gower
·
Ketentuan Koefisien Gower
· - OTU a ( +
keduanya) -------- > nilai 1
· - OTU d (-
keduanya ) --------- > nilai 1
· - OTU c dan b
(berlawanan) ------- > nilai 0
· - Motilitas bila
-/- ----- > nilai 0 dan tanpa pembagi
Contoh Soal:
|
OTU
|
GC ratio
|
Ø KOLONI
|
WARNA
|
MOTILITAS
|
|
1
|
55
|
1,7
|
Coklat
|
-
|
|
2
|
42
|
2,5
|
Kuning
|
+
|
|
3
|
45
|
1,8
|
Hijau
|
-
|
|
4
|
65
|
1,6
|
Hijau
|
+
|
Buatlah :
-
Perhitungan
determinasi untuk tiap subyek pengamatan
-
Buatlah
dendogram untuk mengetahui tingkat kekerabatan semua subyek pengamatan
Jawab:
·
Koefisien Gower
Sg (1-2) : (1 - (25
- 42)) + (1 - (2,5 - 1,7) + 0 + 0
: 23 0,9
1 1
1 1
:
(1 - 0,565) + (1 –
0,889) + 0
4
: 0,435 + 0,111 = 0,1365 x 100% = 10%
4
Sg (1-3) : (1 - (55
- 45)) + (1 - (1,8 - 1,7) + 0 + 0
: 23 0,9
1 1 1
:
(1 - 0,434) + (1 –
0,111) + 0
3
: 0,566 + 0,889 = 0,485 x 100% = 50%
3
Sg (1-4) : (1 - (65
- 55)) + (1 - (1,7 - 1,6) + 0 + 0
: 23 0,9
1 1
1 1
:
(1 - 0,434) + (1 –
0,111) + 0
4
: 0,566 + 0,889 = 0,363 x 100% = 40%
4
Sg (2-3) : (1 - (45
- 42)) + (1 - (2,5 - 1,8) + 0 + 0
: 23 0,9
1 1
1 1
:
(1 - 0,130) + (1 – 0,778)
+ 0
4
: 0,87 + 0,222 = 0,273 x 100% = 30%
4
Sg (2-4) : (1 - (65
- 42)) + (1 - (2,5 - 1,6) + 0 + 1
: 23 0,9
1 1
1 1
:
(1 - 1) + (1 – 1) +
0 + 1
4
: 1= 0,25 x 100% = 30%
4
Sg (3-4) : (1 - (65
- 45)) + (1 - (1,8 - 1,6) + 1 + 0
: 23 0,9
1 1
1 1
:
(1 - 0,869) + (1 –
0,222) + 1
4
: 0,131 + 0,78 + 1 = 0,477 x 100% = 50%
4
·
Clustering
|
1
|
100
|
|||
|
2
|
10
|
100
|
||
|
3
|
50
|
30
|
100
|
|
|
4
|
40
|
30
|
50
|
100
|
|
1
|
2
|
3
|
4
|
·
Hasil Cluster
|
%
Similiarity
|
1
|
2
|
3
|
4
|
|
100
|
1
|
2
|
3
|
4
|
|
50
|
1
|
3
|
4
|
|
|
40
|
1
|
3
|
4
|
|
|
30
|
1
|
3
|
4
|
2
|
|
20
|
1
|
3
|
4
|
2
|
|
10
|
1
|
3
|
4
|
2
|
- Dendogram
0 comments:
Post a Comment
Silahkan jika anda ingin komentar, karena masukan dan kritikan anda sangat berharga demi kemajuan, namun tolong gunakan bahasa yang sopan